۱- تدوین خط مشی های مربوط به فعالیت های آب و خاک در چارچوب سیاستهای کلان بخش کشاورزی
۲- مطالعه و شناخت وضع موجود و بررسی و تجزیه و تحلیل نارسائیها، نقاط قوت و ضعف و فرصت ها و تهدیدهای مربوط به آب و خاک بخش کشاورزی
۳- انجام بررسی های لازم و تعیین اهداف کوتاه مدت، میان مدت و بلند مدت مربوط به آب و خاک در بخش کشاورزی
۴- تهیه و تدوین برنامه های ملی مربوط به امور آب و خاک و همچنین هدایت واحدهای استانی در جهت تهیه و تنظیم برنامه های استانی و منطقه ای
۵- برنامه ریزی و پیش بینی ساز و کارهای تشویقی و حمایتی به منظور توسعه سرمایه گذاری بخش غیردولتی در زمینه فعالیت مربوط به آب و خاک در بخش کشاورزی
۶- برنامه ریزی و همکاری در ایجاد و راهبری مراکز اطلاع رسانی مربوط به فعالیت های آب و خاک در چارچوب نظام اطلاع رسانی وزارت متبوع و ارائه خدمات فنی و مشاوره ای به متقاضیان سرمایه گذاری و بهره برداران در زمینه فعالیت های مذکور
۷- تهیه و تنظیم و پیش بینی استقرار ساز و کارهای هماهنگی بین واحدها، دستگاه ها و مراجع ذیربط در رابطه با طراحی و اجرای برنامه های مرتبط با وظایف معاونت
۸- ارزیابی مستمر اثر بخشی برنامه ها، طرحها، پروژه ها و فعالیت های مربوط به آب و خاک و تلاش در جهت اصلاح سیاست ها، اهداف و برنامه ها در چارچوب نظام نظارت و ارزشیابی وزارت متبوع
۹- تهیه و تنظیم برنامه های کلان مربوط به انتقال، توزیع و مصرف آب کشاورزی، توسعه سامامه های نوین آبیاری ، توسعه منابع کوچک تامین آب، توسعه و بهسازی شبکه های آبیاری و زهکشی و انهار آبرسانی، تجهیز و نوسازی و احیاء اراضی کشاورزی ، حفظ و اصلاح خاک، احیاء و مرمت قنوات در راستای سیاستهای توسعه پایدار با رعایت ملاحظات زیست محیطی
۱۰- هدایت واحدهای اجرائی جهت ارائه یافته های علمی جدید به بهره برداران از طریق اجرای برنامه های ترویج تخصصی در چارچوب سیاستها و نظام ترویج کشاورزی و برنامه های معاونت ذیربط
۱۱- تهیه و تدوین ضوابط و استانداردهای مربوط به مطالعه، طراحی، ساخت، بهره برداری، نگهداری و کنترل کیفی پروژه های کوچک توسعه منابع آب، شبکه های آبیاری و زهکشی، تجهیز و نوسازی اراضی، راههای بین مزارع، زهکشی و احیاء اراضی کشاورزی، سامانه های نوین آبیاری و تهیه و پیشنهاد فهرست بهای تخصصی آنها
۱۲- برنامه ریزی و تدوین دستورالعمل های لازم برای ایجاد هماهنگی در خصوص اجرای قانون توزیع عادلانه آب و آئین نامه اجرایی مصرف بهینه آب کشاورزی و نظارت بر اجرای صحیح آن
۱۳- انجام اقدامات و اتخاذ تدابیر لازم به منظور حفظ، تقویت و توسعه کمکها، تسهیلات و سرمایه گذاریهای دولت در زمینه فعالیت های آب و خاک در بخش کشاورزی
۱۴- بررسی و تعیین نیازها و اولویت های سرمایه گذاری در رابطه با فعالیت معاونت و ارائه پیشنهادات لازم به معاونت ذیربط به منظور تامین و تجهیز منابع مورد نیاز
۱۵- بررسی و تعیین نیازهای پژوهشی و آموزشی در زمینه فعالیت آب و خاک و ارائه پیشنهادات لازم به مراجع ذیربط
۱۶- تهیه و تنظیم طرحها و پیشنهادات مربوط به آب کشاورزی، به منظور ارائه به شورای عالی آب و سایر مراجع ذیربط
۱۷- حمایت از ایجاد و تقویت تشکلهای مربوط به آب وخاک در چارچوب سیاستهای وزارت متبوع و برنامه های معاونت ذیربط
۱۸- طراحی، ساماندهی، استقرار و بهینه سازی نظام بهره برداری از آب وخاک
۱۹- اجرای سایر وظایفی که بنا به ضرورت و به موجب قوانین و مقررات بر عهده معاونت قرار می گیرد.